La pelicula se situa 2 años despues del termino de la serie, en Munich se encuentra Ed, Al en Amestris.

Los hermanos estan separados en mundos diferentes, intentando cada uno el poder volver a ver al otro. En Amestris todos creen a Edward muerto, cuando la erdad solo esta del otro lado de la puerta, en nuestro mundo. Ed trata por todos los medios de abrir la puerta y regresar, pero al no poder usar la alquimia se pone a investigar cohetes, creyendo que la forma de conectar los mundos.

Ed no esta solo, en su mundo esta su padre, Hohenheim quien se ve envuelto en una sociedad secreta que apoya a los nazis, esta sociedad es la que busca Shambala, tambien se encuentra un joven que es identico a su hermano que se llama Alfons Heiderich, ambos investigan la ciencia de los cohetes.

En Amestris, Al no recuerda nada de lo sucedido durante los 4 años que estuvo dentro de la armadura, pero toma el abrigo rojo de Ed y se deja crecer el pelo, para no olvidar a su hermano, e investiga mas sobre alquimia para encontrar la forma de volver a ver a Edward, para esto vuelve con su sensei.