El año es U.C. 123. Más de 30 años han pasado desde que Char lanzara su contraataque, intentara forzar la migración de humanidad al espacio y fuera declarado desaparecido en acción junto a Amuro Ray. Zeon volvió a integrarse a la Federación Terrestre y la paz ha reinado en las colonias durante todo este tiempo.

Mientras en la colonia Frontier IV, perteneciente al Frontier Side (ex Side 4) se lleva a cabo una kermesse en la que participan Seabook Arno, su hermana Liz, Cecily Fairchild, Dwight Camury y otros. Es durante este momento de tranquilidad, de paz, de serenidad que hace su aparición un nuevo enemigo: La Crossbone Vanguard.

Tratando de escapar del ataque y de la colonia, Seabook y sus amigos llegan a un salvavidas espacial guiados por Leslie Arno, padre de Seabook.
La intención de la Crossbone Vanguard es la creación de una nueva era para la humanidad y para eso, intentan crear en el Frontier Side su llamada “Cosmo Babylonia”. (info sacada del post de Jane)