2018 a.t.b . Un año después del frustrado intento de la rebelión Eleven por hacerse con el poder en su patria, el paradero de Zero es desconocido. Cientos de Elevens que aún persisten con el afán de levantarse en armas contra el imperio, van siendo ejecutados aleatoriamente por las tropas del imperio comandadas ahora por un dictador de nombre Carasas. La orden es clara y concisa: dar con el paradero del hombre que lideró la rebelión y mato al príncipe Clovis, a la princesa Euphemia y a miles de soldados. Kallen Kozuki, ya identificada y reseñada como integrante de la resistencia, desapareció misteriosamente. Los antiguos camaradas de Zero ahora lo consideran un traidor, un cobarde a la causa y en medio de todo esto, tenemos a un Lelouch Lamperouge tranquilo y llevando sus días en paz en compañía de sus viejos amigos del consejo estudiantil de la academia Ashford.

Nada parece haber cambiado en lo absoluto, hasta el día en que súbitamente el misterioso Zero reaparece de la nada y con un nuevo rostro tras la máscara. Una vez más, Zero ha regresado, una vez más, Lelouch hace el pacto para adquirir el poder que le dio y le quitó todo: Geass.